Мнение подобно костям -
у каждого свои

Этот код будет работать только на одном домене, то есть, если ваш iframe ссылается на файл, который находится внутри вашего сайта.

<script type="text/javascript">
function calcHeight(iframeElement){
    var the_height=  iframeElement.contentWindow.document.body.scrollHeight;
    iframeElement.height=  the_height;
}
</script>
<iframe src="/reference/index.php" onLoad="calcHeight(this);" frameborder="0" scrolling="no" id="the_iframe" width="100%" ></iframe>

Всем удачи и добра!